« Même si notre application pour iPad, iPhone et i[Pod] touch peut être utilisée sur les réseaux 3G, Apple et ses opérateurs partenaires pourraient changer les conditions de son inclusion [dans l'App Store], et pourraient lui retirer cette possibilité à n'importe quel moment, ou développer des applications concurrentes » : Apple pourrait ainsi offrir à FaceTime la possibilité de passer des appels via la 3G, ce qui couperait l'herbe sous le pied de Skype.
S'il y a toujours eu tension entre ce que peut fournir le développeur d'un OS et les développeurs tiers, Skype prend très au sérieux le risque que représentent les boutiques d'applications mobiles, car elles donnent beaucoup plus de pouvoir aux sociétés qui les contrôlent : « les propriétaires des boutiques d'application ont un contrôle total sur les produits et les services qu'ils distribuent, et ils pourraient retirer Skype de leurs boutiques ou restreindre ses fonctions selon un risque compétitif ou une duplication de leurs propres produits et services ». En janvier dernier, Skype avait ainsi temporairement disparu de l'App Store.
Cette thématique du contrôle absolu fourni par les App Store est commune, mais c'est là une grande société qui en fait part comme d'un risque potentiel à son activité. Un risque qui n'est pas tout à fait le même sur toutes les plateformes : une application refusée par Apple ne peut pas du tout être distribuée, alors qu'une application rejetée par Google peut toujours être installée sur un téléphone Android en passant par exemple par le site Web de son développeur. Mais les App Store sont des vitrines incontournables, et en être exclu est souvent un coup si dur qu'il est fatal.