Cette nouveauté d'iTunes 9.2 est si petite qu'elle était passée inaperçue : une case à cocher concernant la synchronisation automatique des nouvelles applications a été ajoutée dans le panneau de gestion des applications iOS.
Jusqu'ici, par défaut, iTunes ajoutait à la synchronisation d'un iPhone ou d'un iPad toutes les applications téléchargées depuis le Mac (ou le PC) depuis la dernière synchronisation. Un comportement que regrettaient certains utilisateurs, qui pourront désormais désactiver cette fonction et gérer leurs applications complètement manuellement.