Les développeurs de programmes tiers permettant de piloter iPod ou d'installer Linux dessus, rencontrent de gros problèmes avec la dernière génération d'iPod. Celle-ci est protégée de manière à ce que seul iTunes puisse interagir avec l'iPod classic et le nano 3G. Conséquence de cette protection, cette génération d'iPod devrait être moins bidouillable, du moins dans un premier temps.