La dernière mise à jour d'iTunes, la 6.0.1., suscite la colère de certains possesseurs d'iPod shuffle. En effet, il arrive que le petit bâtonnet musical se refuse à toute action dès qu'on l'allume, sinon clignoter gentiment entre l’orange et le vert. il n'est alors plus reconnu par l'ordinateur (système et iTunes) et il est impossible de le reformater. Joint au téléphone, le service français après-vente d'Apple a, au moins dans un cas, procédé à un échange immédiat. Pour l'heure, en revanche, la Pomme ne reconnaît pas officiellement le problème, quand bien même il serait évoqué sur ses propres forums.